La ubicación de los recursos mineros, está en tres grandes regiones:
Región Occidental de San Juan "Cordillera Frontal y Principal": se destaca una región con más de 37.000 km² con buena infraestructura vial, donde es posible la extracción de minerales como el oro, cobre, plomo, plata, zinc, molibdeno, arsénico, bismuto y otras, recursos en minerales industriales y rocas de aplicación como sulfato de aluminio, yeso, granito, riolita y otras.
Región Central "Precordillera": Esta región es donde tiene lugar la mayor actividad de minería extractiva en la provincia representada por la producción de minerales industriales y roca de aplicación. Son más de 23,000 km² con buena infraestructura vial. Ambiente geológico favorable para mineralizaciones por metales de base y preciosos. Imponente potencial en minerales industriales y rocas de aplicación como caliza, dolomita, diatomita, bentonita, caolín, grava, sulfato de sodio, travertino, mármol y esquisto
Región Oriental "Sierras Pampeanas": Esta área posee más de 16.000 km² de ambiente geológico promisorio para metales preciosos y de base. Sistemas de mineralización de auríferos conocidos. Potencialidad en minerales industriales y rocas de aplicación como mármoles y esquistos, minerales de pegmatitas y minerales raros.
A principios de los años 2000 la provincia entró en un importante desarrollo de la minería. Tradicionalmente esta actividad fue desarrollada por pequeñas y medianas empresas locales, en la actualidad, la extracción de minerales se encuentra en manos de grandes compañías multinacionales, que realizan diversas tareas. Se han radicado tantas empresas privadas que trabajan en numerosos proyectos, que se ha hecho necesario efectuar obras de mejoramiento de los caminos de acceso a las áreas mineras.
Actividad minera en la Cordillera de los Andes, proyecto Veladero, departamento Iglesia.
El primer proyecto puesto en marcha fue el denominado Veladero uno de los más importantes del país, del cual en menos de 1 año se han extraído más de 11.000 onzas de oro y que entre 2005 al 2007 el 23,1% del Producto Bruto Geográfico (PBG) de la provincia, es decir casi un cuarto de toda la actividad económica producida ese año lo represento esté proyecto minero. Otras cifras indican que Veladero en relación al sector industrial, señalan que en el 2007 las exportaciones industriales de San Juan totalizaron 457 millones de dólares, contra 56 millones de dólares en 2003. Esto permitió que la provincia pasara de ocupar el puesto 13 en el ranking nacional de exportaciones industriales, con respecto a las demás provincias, en 2003, a situarse en el puesto 5 en 2008, con una proyección sostenida de crecimiento para el año 2010.
Pero se destacan más proyectos entre ellos esta, Gualcamayo, ubicada en el departamento de Jáchal, que a principios de 2009 obtuvo su primer lingote de oro puro al 99%, y que el para el 7 de mayo de 2009 la mina ya había alcanzado el 60% de su capacidad de producción, iniciando sus actividades definitivas el 30 de septiembre de 2009, este proyecto se prevé que produzca 150.000 onzas de oro por año, y luego de los 10 años de vida útil previstos para la minería metalífera, existe la posibilidad, y continuar explotando industrialmente la cal. Otro es Pascua Lama, con la particularidad que se lo compartirá con el vecino país de Chile, tratándose de uno de los proyectos más importantes del mundo. También, que actualmente está en proceso de evaluación de la factibilidad, es el proyecto Pachón, ubicadao en Calingasta, que para el año 2008 había tenido un avance importante en relación a su desarrollo de infraestructura.
San Juan es una de las provincias que tiene mayor capacidad para la exploración de país. Ha logrado un importante desarrollo en la producción de minerales industriales, naturales y elaborados, como caliza, dolomita, yeso, cuarzo, bentonita, feldespato, mármol, laja, cemento, carbonato de calcio y carburo de calcio, destacándose en extracción y producción de cales y oro.
Acompañado del desarrollo e impulso por parte del gobierno de dicha provincia, llegó el conflicto relacionado al impacto ambiental que experimenta esta actividad. Originando una fuerte brecha entre opocitores y quienes defienden esta actividad en la provincia, llegando a debates que repercuten a nivel nacional por la actualidad. (véase: impacto ambiental potencial de la extracción y procesamiento de minerales)
También a partir del año 2006, se inició la búsqueda de petróleo, más precisamente al norte de la provincia en el valle del Bermejo en el departamento Jáchal y también cerca de la localidad de Tamberías, en Calingasta. Que para para el 2009, se notificó que la inversión en la búsquede de petróleo no variaría por la crisis internacional.
