San Juan posee un clima con una elevada continentalidad, es decir que no posee influencia oceánica, es seco, de escasas precipitaciones. El clima influye en los sistemas de modelado, en los regímenes fluviales, en los tipos de suelos y en las formaciones vegetales. Por ejemplo, las precipitaciones de tipo nívia se dan a las alta montaña y líquida en resto del territorio, con una importante amplitud térmica, anual y diaria, siendo la misma la más elevada de la Argentina. Una particularidad de la provincia es la presencia de un viento local, el Zonda. Un viento muy cálido y seco que sopla desde el oeste, es cálido y seco debido al "efecto Föhn" extremado por adiabasis- que sufre al atravesar las elevadas cordilleras de los Andes, ya que aquí se encuentran algunos de los picos más elevados del Hemisferio Occidental.
Las zonas de la precordillera, las "travesías" y Sierras Pampeanas en San Juan, tienen por lo general (en el siglo XX) un clima árido de sierras y campos, con oasis de riego.El clima presenta una gran amplitud térmica, dado que en invierno se alcanzan temperaturas que pueden alcanzar los cinco grados bajo cero y en verano las temperaturas máximas superan los cuarenta grados.
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